Dalam melaksanakan tugas dan misi Tridharma Perguruan Tinggi, Fakultas Pertanian UGM mengkoordinasi unsur penyelenggara akademik yang terdiri atas departemen-departemen dengan program studi masing-masing yaitu:
- Departemen Budidaya Pertanian
- Program Studi S-1 Agronomi
- Program Studi S-2 Magister Agronomi
- Program Studi S-2 Magister Pemuliaan Tanaman
- Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan
- Program Studi S-1 Proteksi Tanaman
- Program Studi S-2 Magister Ilmu Hama Tanaman
- Program Studi S-2 Magister Fitopatologi
- Departemen Perikanan
- Program Studi S-1 Akuakultur
- Program Studi S-1 Manajemen Sumberdaya Akuatik
- Program Studi S-1 Teknologi Hasil Perikanan
- Program Studi S-2 Magister Ilmu Perikanan
- Program Studi S-3 Doktor Ilmu Perikanan dan Kelautan Tropis
- Departemen Sosial Ekonomi Pertanian
- Program Studi S-1 Ekonomi Pertanian dan Agribisnis
- Program Studi S-1 Penyuluhan dan Komunikasi Pertanian
- Program Studi S-2 Magister Ekonomi Pertanian
- Program Studi S-2 Magister Manajemen Agribisnis
- Departemen Tanah
- Program Studi S-1 Ilmu Tanah
- Program Studi S-2 Magister Ilmu Tanah
- Departemen Mikrobiologi Pertanian
- Program Studi Mikrobiologi Pertanian
- Program Studi S-3 Doktor Ilmu Pertanian