Dalam melaksanakan tugas dan misi Tridharma Perguruan Tinggi, Fakultas Pertanian UGM mengkoordinasi unsur penyelenggara akademik yang terdiri atas departemen-departemen dengan program studi masing-masing yaitu:
-
- Departemen Budidaya Pertanian
- Program Studi S-1 Agronomi
- Program Studi S-2 Magister Agronomi
- Program Studi S-2 Magister Pemuliaan Tanaman
- Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan
- Program Studi S-1 Proteksi Tanaman
- Program Studi S-2 Magister Ilmu Hama Tanaman
- Program Studi S-2 Magister Fitopatologi
- Departemen Perikanan
- Program Studi S-1 Akuakultur
- Program Studi S-1 Manajemen Sumberdaya Akuatik
- Program Studi S-1 Teknologi Hasil Perikanan
- Program Studi S-2 Magister Ilmu Perikanan
- Program Studi S-3 Doktor Ilmu Perikanan dan Kelautan Tropis
- Departemen Sosial Ekonomi Pertanian
- Program Studi S-1 Ekonomi Pertanian dan Agribisnis
- Program Studi S-1 Penyuluhan dan Komunikasi Pertanian
- Program Studi S-2 Magister Ekonomi Pertanian
- Program Studi S-2 Magister Manajemen Agribisnis
- Departemen Tanah
- Program Studi S-1 Ilmu Tanah
- Program Studi S-2 Magister Ilmu Tanah
- Departemen Mikrobiologi Pertanian
- Program Studi Mikrobiologi Pertanian
- Program Studi S-3 Doktor Ilmu Pertanian
- Minat Agronomi
- Minat Pemuliaan Tanaman
- Minat Ilmu Hama Tumbuhan
- Minat Fitopatologi
- Minat Ilmu Tanah
- Minat Ekonomi Pertanian
- Minat Manajemen Agribisnis
- Minat Mikrobiologi Pertanian
- Agribusiness Entrepreuneurial Marketing (AEM)
- Doktor Ilmu Perikanan dan Kelautan Tropis
- Minat Akuakultur
- Minat Manajemen Sumberdaya Akuatik
- Minat Teknologi Hasil Perikanan
- Minat Bioteknologi Kelautan
- Minat Perencanaan dan Kebijakan Perikanan dan Kelautan
- Departemen Budidaya Pertanian