Tim peneliti dari Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan (HPT), Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada (Faperta UGM) melaksanakan penelitian berjudul “Pemanfaatan Streptomyces spp. untuk Pengendalian Patogen Tanaman”. Penelitian ini dipimpin oleh Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc. selaku Ketua Peneliti, melibatkan empat mahasiswa program Sarjana (S1) dengan Hibah Kolaborasi Dosen dan Mahasiswa 2025, 1 mahasiswa S2 fastreck 2024, serta kerjasama melalui magang riset 2 mahasiswa S3 dan 1 mhs S2 dari Dept. Micobiology and Biotechnology Helsinki University 2023 di Dept. HPT UGM. Penelitian dengan hibah kerjasama dosen dan mahasiswa 2025 berlangsung selama delapan bulan, terhitung sejak 28 Februari hingga 23 November 2025, dan dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi dan Mikologi, Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian UGM.
Streptomyces dikenal sebagai salah satu agen biokontrol potensial dalam pengendalian penyakit tanaman karena kemampuannya menghasilkan berbagai metabolit sekunder yang bersifat antagonis terhadap patogen. Namun demikian, kelompok bakteri ini juga diketahui dapat membawa antibiotic resistance genes (ARGs) yang berpotensi berkontribusi terhadap meningkatnya resistensi antimikroba di lingkungan pertanian. Kondisi tersebut semakin relevan mengingat penggunaan pupuk organik berbasis kotoran ternak berpotensi mempercepat akumulasi ARGs serta terjadinya transfer gen horizontal di ekosistem pertanian.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan sejumlah 39 isolat Streptomyces spp. yang berasal dari berbagai sumber dalam menekan pertumbuhan jamur patogen Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical Race 4 (TR4) penyebab penyakit layu pisang secara in vitro dengan 5 isolat diantaranya sudah diuji bersifat antagonis terhadap Ganoderma boninense patogen busuk pangkal batang kelapa sawit. Lebih lanjut dilakukan juga deteksi terhadap tujuh ARGs menggunakan metode multiplex PCR (mPCR) pada isolat yang berasal dari pupuk kotoran ternak. Selain itu, penelitian ini juga dilakukan untuk mengidentifikasi isolat yang memiliki ARGs unik sebagai dasar pengembangan strategi pengendalian penyakit tanaman yang lebih aman dan berkelanjutan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa tidak terdapat isolat Streptomyces yang mampu menghambat pertumbuhan Foc TR4 secara in vitro. Meski demikian, dua isolat dari 5 isolat yang bersifat antagonis terhadap G. boninense yaitu P-NI3 dan P-I2, diketahui memiliki kekerabatan dekat dengan Streptomyces collinus strain L2 dan Streptomyces broussonetiae strain T44. Deteksi molekuler menunjukkan bahwa primer StrepPNI3-F dan StrepPNI3-R berhasil mendeteksi isolat P-NI3 dengan amplikon berukuran 650 bp, sedangkan primer StrepPI2-F dan StrepPI2-R mampu mendeteksi isolat P-I2 dengan amplikon 221 bp.
Lebih lanjut, hasil deteksi ARGs mengungkapkan bahwa seluruh isolat mengandung lebih dari satu gen resistensi antibiotik, yang mengindikasikan adanya sifat multi drug resistance (MDR). Analisis filogenetik menunjukkan bahwa isolat WTP-1 berkerabat paling dekat dengan Streptomyces sp. WAC00288, sedangkan isolat WTP-6 memiliki kedekatan genetik dengan Streptomyces sp. Sudan B70. Temuan ini menjadi catatan penting dalam pengembangan agen biokontrol berbasis mikroba agar tetap memperhatikan aspek keamanan lingkungan dan kesehatan.
Melalui penelitian ini, Faperta UGM menegaskan komitmennya dalam mengembangkan ilmu pengetahuan di bidang perlindungan tanaman yang berbasis sains, berkelanjutan, dan berwawasan lingkungan. Hasil penelitian diharapkan dapat menjadi dasar bagi pengembangan strategi pengendalian penyakit tanaman yang tidak hanya efektif, tetapi juga aman dari risiko penyebaran resistensi antimikroba di sektor pertanian.
Penelitian ini turut mendukung pencapaian Tujuan Pembangunan Berkelanjutan (Sustainable Development Goals/SDGs), khususnya SDG 2: Tanpa Kelaparan, SDG 3: Kehidupan Sehat dan Sejahtera, SDG 12: Konsumsi dan Produksi yang Bertanggung Jawab, SDG 13: Penanganan Perubahan Iklim, serta SDG 15: Ekosistem Daratan.
Penulis: Ghorizatu Shofra
Editor: Desi Utami